猫屎咖啡最早在印度尼西亚的苏门答腊岛被发现。18 世纪早期，荷兰殖民者在苏门答腊和爪哇岛区域建立了咖啡种植园。当地的野生麝香猫对咖啡果实表现出高度偏好，只挑选咖啡树中最成熟香甜的咖啡果实食用。